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苹果手机短信区分主副号短信的方法如下。
1、在发送短信的界面，选择联系人旁边的号码选项，点击主副号选项，选择使用的号码进行短信发送，接收短信时，会根据接收到的号码判断短信是发送到主号还是副号上，可以通过查看短信接收到的号码来区分主副号短信。
2、在iPhone的设置界面中，点击蜂窝移动网络选项，可以看到设置的手机号码和对应的短信接收情况，短信的发送和接收会根据选择的号码进行区分，可以通过查看设置的手机号码来确定收到的短信是哪张卡收到的。
可以通过选择发送短信的号码和在设置里查看接收短信的号码来区分苹果手机上的主副号短信。